こんにちは！
アイドマ・ホールディングスの坂本と申します。

横並びの電車（通常の通勤電車）などの場合には
上座や下座を意識する必要ありませんが
特急列車や新幹線のような縦に並んでいる席には上座と下座があります。

向かって進行方向窓側が上座
電車における上座は電車の向かっている方向（進行方向）を向く形で座る窓側の席が上座です。
次いで、その通路側となります。
席を向かい合って作るような場合には、進行方向と反対側を向かう方が下座となります。
乗る機会は少ないでしょうが
寝台列車の場合、二段ベッドの上が下座、下が上座になります。